猪TDRP1基因的电子克隆及生物信息学分析
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农业部转基因生物新品种培育重大专项(课题编号:2008ZX08006-005、2009ZX08009-145B)和2008 年粤港关键领域重点突破项目(课题编号:2008A02)资助;国家科技攻关计划


Electronic cloning and bioinformatic analysis of the pig TDRP1 gene
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    摘要:

    利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776 bp,包括119 bp的5′UTR、561 bp的编码区和96 bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2) 猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3) 猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20 489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4) 基于cDNA及EST数据库的检索显示,猪TDRP1基因至少在卵巢和甲状腺等组织中表达.

    Abstract:

    The structure, expression and function of pig TDRP1 gene was predicted with bioinformatics and comparative genomics methods. Results showed that:(1) The electronically cloned pig TDRP1 cDNA was 776 bp including a 119 bp 5′UTR, a 96 bp 3′UTR and an open reading frame (ORF) of 561 bp, which encoded a 187 amino acid peptide. (2) The CDS of pig TDRP1 had 85%, 76.1% and 77.1% with that of human, mouse and rat, respectively. The translated pig TDRP1 precursor had identities of 82.5%, 71.1% of identity homologous and 70.1% of identity homologous with its counterparts of human, mouse and rat, respectively. (3) The predicted molecular weight of pig TDRP1 was 20 489.8 Daltons without signal peptide. The pig TDRP1 might be a soluble and non-secretive protein, and probably forms four kinds of secondary structure. (4) Based on cDNA and EST library, the pig TDRP1 gene expresses at least in ovary and thyroid gland tissues.

    参考文献
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    引证文献
引用本文

聂庆华.猪TDRP1基因的电子克隆及生物信息学分析[J].湖南农业大学学报:自然科学版,2010,36(6):672-677.

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  • 收稿日期:2010-06-24
  • 最后修改日期:2010-06-24
  • 录用日期:2010-10-26
  • 在线发布日期: 2011-01-04
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